Theo Quyết định số 75/2014/QĐ-TTg ngày 24/12/2014 của Thủ tướng Chính phủ, cơ cấu tổ chức của Học viện Ngoại giao bao gồm các Đơn vị sau:

• Viện Nghiên cứu Chiến lược Ngoại giao;
• Viện Biển Đông;
• Trung tâm Đào tạo, Bồi dưỡng Nghiệp vụ Ngoại giao (FOSET);
• Trung tâm Thông tin, Tư liệu;
• Văn phòng;
• Ban Đào tạo;
• Phòng Quản lý Khoa học;
• Khoa Lý luận Chính trị;
• Khoa Chính trị Quốc tế và Ngoại giao;
• Khoa Kinh tế Quốc tế;
• Khoa Luật Quốc tế;
• Khoa Truyền thông và Văn hoá đối ngoại;
• Khoa Tiếng Anh;
• Khoa tiếng Pháp;
• Khoa Tiếng Trung Quốc.